衢州复旦研究院的院徽结合了衢州的地域特色和复旦大学的文化内涵，明确了“基础研究在复旦，成果转化在衢州”的基本定位，体现了研究院扎根衢州服务地方的决心。

核心创意：

“衢州有礼”上加篆书“复旦”，不仅象征着复旦大学和衢州的强强联合，更体现衢州对研究院发展的关怀与支持；

“药丸”代表着研究院以生命科学和医药研究为重点，“药丸”中跃出的小人寓意人才辈出，在创新药的大舞台上翩翩起舞；

院徽主要采用“复旦蓝”和“有礼绿”作为标准色，两种色彩的搭配和渐变象征着校地间的深度合作与融合；

蓝色象征教育、智慧和复旦大学深厚的学术基础，绿色则代表生命、健康和衢州市“国际花园城市”的发展愿景。