研究院实行合作委员会领导下的院长负责制。由衢州市人民政府和复旦大学共同设立研究院合作委员会(以下称委员会)，主要负责审议研究院章程、组织架构、发展规划、年度工作计划、重要人事任免和年度经费预算、人员薪资标准以及其他重大决策等事项，协调解决推进中的重大问题。委员会由双方及相关人员组成，设11名成员，其中衢州市5名、复旦大学6名，设双主任，分别由双方推荐。

 合作委员会成员：

衢州市：

郑河江（合作委员会主任）

吕亮（合作委员会副主任）

谢剑锋（合作委员会委员）

林蕙（合作委员会委员）

刘明鹤（合作委员会委员）

复旦大学：

朱同玉（合作委员会主任）

王建新（合作委员会副主任、衢州复旦研究院院长）

周曦（合作委员会委员）

吴骅（合作委员会委员）

郁金泰（合作委员会委员）

李聪（合作委员会委员）