衢州复旦研究院实行委员会领导下的院长负责制，由衢州市政府和复旦大学共同设立研究院合作委员会。主要负责审议研究院章程、组织架构、发展规划、年度工作计划、重要人事任免和年度经费预算、人员薪资标准以及其他重大决策等事项，协调解决推进中的重大问题。