衢州复旦研究院实行委员会领导下的院长负责制，由衢州市政府和复旦大学共同设立研究院合作委员会。

在科研建设上，我院总体采取“3+3+1+X”布局，即“化学药物研究所、生物技术药物研究所、药物制剂研究所”三大研究所，“临床前药物评价中心、分析测试中心、实验动物中心”三大科研中心，二期建设的中试基地和多个待转化科研项目。

在“3+3+1+X”总体布局下，我院将形成涵盖基础研究、应用研究和成果转化的完整创新链条。各科研单位承担着药靶发现、药物筛选、药物制剂和临床前评价等药物研发的关键任务。而科研转化项目作为研究院的运作核心，将通过成果转化向市场和社会输送高质量的生物医药成果。