衢州复旦研究院实行委员会领导下的院长负责制，由衢州市政府和复旦大学共同设立研究院合作委员会。

在平台建设上,研究院现设有“化学药物研究所、生物技术药物研究所、药物制剂研究所”三大主题研究所，辅以“临床前药物评价中心、分析测试中心、实验动物中心”三大支撑平台。未来的二期工程还将扩建多个概念验证中心，以构建涵盖“概念验证-成果转化-中试放大-产业落地”的完整闭环。各科研单位承担着药靶发现、药物筛选、药物制剂和临床前评价等药物研发的关键任务。而科研转化项目作为研究院的运作核心，将通过成果转化向市场和社会输送高质量的生物医药成果。