衢州复旦研究院（注册名：衢州市复大生物医药创新研究院）是浙江省衢州市政府与复旦大学共建的生物医药研发与转化平台，坐落于衢州市智慧新城。衢州复旦研究院以复旦大学上海医学院为主要参与力量，由药学院牵头，协同相关学科及附属医院等为主体进行建设，充分整合复旦大学的多学科基础研究和应用研究优势资源。研究院以“复旦研发，衢州转化”为核心理念，主要开展创新小分子药物、生物技术药物、复杂制剂与中药产品的开发与转化。

目前，研究院已建设获批浙江省博士后工作站，长三角生物医药协同创新联盟衢州基地、衢州市概念验证中心，并与克服递药屏障高端制剂全国重点实验室、Cytiva公司、LOGAN公司等业内顶尖机构共建联合实验室。现有工作人员107人，其中国家级人才7人、省部人才12人。现有相关仪器设备300多台套，设备原值3000万元，已有30台仪器入驻浙江省大型科研仪器开放共享平台。

研究院将依托复旦大学在生命健康领域基础研究和新药研发的人才资源和技术平台，借助衢州的区位优势及政策优势，建设集科研人才集聚、科技成果转化、创新企业孵化、创新创业人才培养和战略性新兴产业培育为一体的高端创新创业平台，努力成为创新药物的孵化器、药物研发的服务器和医药产业的加速器，推动衢州乃至长三角生物医药产业的高质量发展。